1948 m. sausio 1 dieną įsteigta Vilniaus septynmetė muzikos mokykla su fortepijono, styginių
instrumentų, pučiamųjų instrumentų, teoriniu, bendrojo fortepijono skyriais.
1949 m. įsteigtas akordeono skyrius.
1970 m. įkuriamas choro skyrius.
1971 m. mokykla persikelia į naujas patalpas (T. Kosciuškos g. 13).
1973 m. įsteigtas tautinių instrumentų skyrius.
1973 m. mokyklai suteiktas kompozitoriaus Balio Dvariono vardas.
1974 m. pradėti reguliariai organizuoti respublikiniai B. Dvariono jaunųjų pianistų konkursai. Nuo 1986 m. konkursuose dalyvauja styginių instrumentų – arfos, smuiko, violončelės moksleiviai.
1989 m. renginys išaugo į Tarptautinį B. Dvariono konkursą.
1976 m. įkuriamas džiazo ir populiariosios muzikos skyrius.
1983 m. mokyklai suteiktas dešimtmetės muzikos mokyklos statusas.
1995 m. mokykloje įsteigta dailės studija, išaugusi į Dailės skyrių (2002).
1997 m. mokykloje pradėti mokyti neįgalūs vaikai.
2001 m. atidaryta pianistės ir pedagogės Aldonos Dvarionaitės (1939-2000) memorialinė klasė.
2002 m. nuo styginių skyriaus atsiskyrė gausus klasikinės gitaros skyrius.
2002 m. įsteigiamas Muzikos terapijos skyrius.